Es una de las ruinas más bellas de la ciudad. En el 1502 al mando de Nicolás de Ovando llegaron los padres franciscanos, la construcción del monasterio se inicia en 1508 y fue el primer monasterio del Nuevo Mundo, después fue barrido por un huracán.

La iglesia, parte principal del conjunto, es iniciada por Liendo en 1544 sobre una colina, y terminó el 23 de julio 1556.
En 1586 fue saqueada por Drake; su reparación termina en el 1664.
El terremoto del 1673 y el de 1751 causan serios daños, lo mismo que varios ciclones.

Debajo del arco de la entrada principal, voluntariamente, fue sepultado Alonso de Ojeda, los restos de éste heroico capitán descubridor de la “ Tierra firme ” (Venezuela, etc.); fueron traslados al ex Convento Dominico el 12 octubre 1942, en el mismo sitio donde fueron encontrados en el 1892. En el templo fueron encontrados también los restos de Don Bartolomé Colón, hermano de Cristóbal Colón y Ceferino Mazoneda.

En el monasterio estudió el Cacique Enriquillo, el último cacique, y único que “ forjó su alma en acero ”, quien luchó contra los aventureros colonizadores.

Abandonado en el 1795. La destrucción se inició cuando los franceses vencidos en Palo Hincado y asediados en la ciudad emplazaron un pedazo de artillería sobre el techo en 1805; en 1809 cortan la bóveda, y colocan una explanada de madera con un cañón que al segundo disparo se desploma con todo y techo.
En 1831 los haitianos se llevan las piedras y detalles arquitectónicos y en 1847 se vuelven a emplear en las paredes como material de construcción.
El ciclón de San Zenón en 1930 destruye gran parte del edificio.
En 1940 se instaló allí el procomio y el manicomio Padre Billini.

Las campanas de San Francisco son las que lanzan el ronco lamento del campanario de Santa Bárbara.

En los alrededores de la iglesia existe en ruinas la capilla de la Tercera Orden de Garay o de María de Toledo. En su tina se custodiaba el agua a distribuir, a través de tuberías, a los ciudadanos habitantes de la Zona Colonial; éste fue el primer acueducto de la ciudad.
Las antiguas ruinas se utilizan todavía como escenario para celebraciones de eventos sociales y culturales.

Dirección: C/ Hostos esq. Tejera.