Al mes y medio de lanzado el manifiesto, estalló la rebelión del 27 de febrero de 1844, la que se inició con el trabucazo disparado por Mella, en la Puerta de la Misericordia.
En ocasión del golpe de Estado consumado por los Trinitarios el 9 de junio de 1844, Mella, propuso encargar a Duarte el mando supremo del movimiento. Sin embargo, cuando los conservadores afrancesados asumieron el control total de la Junta Central Gubernativa, tomaron una serie de medidas antiliberales, entre éstas, declarar a Duarte, Mella, Pina y Sánchez “traidores de la patria”, quienes tuvieron que abandonar el país el 22 de agosto de 1844. Mella, se reintegró a la patria 4 años después y tuvo una participación activa en las acciones que culminaron con la derrota a la invasión haitiana del presidente Soulouque (Faustino I).

En 1854 fue nombrado ministro plenipotenciario ante el gobierno español, para gestionar el reconocimiento de la independencia de la nación dominicana. En 1855 fue ministro de guerra del presidente Santana, cargo que dejó al caer el gobierno del hatero. Fue llamado por el presidente Santana en 1858 y aceptó la Comandancia de Armas en Puerto Plata. Mella, encabezó una manifestación de repudio contra la intención haitiana de unir las dos naciones.
Meses antes de realizarse la anexión a España, Mella, fue encarcelado y expulsado del país, por su abierta oposición a este hecho. En 1863 tan pronto Mella supo de la revolución restauradora salió de incógnito de Saint Thomas en un barco que pasaría por el Norte del país.
Aquejado de salud no pudo incorporarse a las luchas políticas restauradoras y finalmente, en las cercanías de su muerte, pronunció estas palabras: “Aún hay patria, viva la República Dominicana”.
Antes de morir pidió que sus restos fueran envueltos en la Bandera Nacional. Expiró el 4 de junio de 1864 y sus restos reposan en el mausoleo que está detrás del Altar de la Patria, ubicado en el parque Independencia.